Во второй лиге на одном этапе участвуют команды, распределенные на две зоны.
Западная зона (18 команд): «Кренгольм» Нарва), «Трактор» (Липецк), ШВСМ (Киев), «Дизелист» (Пенза), «Прогресс» (Глазов), «Таллэкс» (Таллин), «Спартак» (Архангельск), СКА-2 (Ленинград), РШВСМ «Энерго» (Рига) «Станкостроитель» (Рязань), «Корд» (Щекино), «Сокол» (Новочебоксарск), «Десна» (Брянск), ШВСМ (Ярославль), «Химик» (Энгельс), «Кварц» (Бор), «Динамо-2» (Москва), «Олимпия» (Кирово-Чепецк).
Восточная зона (16 команд): «Спутник» (Нижний Тагил), «Рубин» (Тюмень) «Металлург» (Магнитогорск), «Строитель» (Темиртау), «Сокол» Красноярск), «Шахтер» (Прокопьевск), «Южный Урал» (Орск), «Горняк» (Дальнегорск), «Авангард» (Уфа), «Торпедо» (Нефтекамск), «Кедр» (Томск), «Нефтяник» (Альметьевск), «Маяк» (Куйбышев), «Ермак» (Ангарск), «Мотор» (Барнаул), «Россия» (Краснокамск).
Игры в зонах проходят в четыре круга. Команды, занявшие 1-е места в каждой зоне, получат право в следующем сезоне выступать в первой лиге.
Клубы, занявшие последние и предпоследние места в каждой зоне (17— 18-е — в западной и 15—16-е —в восточной), теряют право участвовать в чемпионате-90/91 среди команд второй лиги. Это право получают сильнейшая команда всесоюзного турнира среди коллективов физкультуры, который проведет управление футбола и хоккея Госкомспорта РСФСР.

 Вторая лига. Западная зона

Команда Таллэкс Таллин снялась с турнира после 34 матчей - во втором круге засчитаны результаты матчей первого круга