В октябре 2011 года подписал соглашение с киевским «Соколом» и провёл один сезон в Профессиональной хоккейной лиги (ПХЛ) Украины. Пропустит два сезона, летом 2013 года подписал пробный контракт с московским «Динамо». Хоккеист провёл с командой предсезонный сбор, однако полноценного контракт не заключил и завершил игровую карьеру.

Тренерскую карьеру начал в октябре 2014 года, возглавив челябинский «Трактор». В первый же сезон удалось вывести команду в плей-офф, где в первом раунде челябинцы уступили «Сибири» (2-4). Был отправлен в отставку 23 ноября 2015 года после серии неудачных матчей.

4 декабря 2015 году принял хабаровский «Амур». Хабаровский клуб при новом наставнике стартовал с четырёх побед подряд, однако пробиться в плей-офф не сумел. По итогам сезона руководство «Амура» не стало продлевать отношения с Николишиным.

Летом 2016 года специалист был назначен на должность скаута клуба НХЛ «Чикаго Блэкхоукс». 

16 мая 2018 года руководство московского «Динамо» объявило о назначении специалиста на должность тренера. Николишин вместе с Олегом Ореховским и Александром Степановым вошёл в штаб Владимира Воробьёва.

Отправлен в отставку 2 октября 2018 года.