Начинал карьеру в клубе Чешской экстралиги «Всетин». В 2002 году был задрафтован клубом НХЛ «Детройт Ред Уингз» под общим 58-м номером.

16 декабря 2003 года дебютировал в составе «красных крыльев», но закрепиться в команде не смог и несколько лет играл за их фарм-клуб из АХЛ «Гранд-Рапидс Гриффинс».

Показав в сезоне 2005/06 хорошие результаты, набрав 96 очков, установил рекорд «Гриффинс» по количеству результативных передач (60). В том же году он получил второй шанс заиграть в НХЛ, проведя 4 матча. Первую свою игру в НХЛ провел 29 октября 2003 года против «Сент-Луис Блюз», в которой и набрал свое первое очко. Первый гол в НХЛ забросил в матче против Баффало 10 декабря. В следующем сезоне 2006/07 он сыграл уже 76 матчей и по итогам сезона был признан лучшим новичком «Детройта».

В 2008 году вместе с «Детройтом» выиграл Кубок Стэнли. В успешной для «красных крыльев» серии плей-офф он забил 5 шайб и отдал 9 голевых передач. В сезоне 2008/09  «Детройт» был близкок к повторению их прошлогоднего достижения, но в финале уступил «Питтсбургу».

8 июля 2009 года, находясь в статусе ограниченного свободного агента, подписал контракт с клубом КХЛ «Динамо» Москва. Трансфер считается одной из крупнейших сделок за всю историю КХЛ. Подписание Гудлера сопровождалось спорами руководства НХЛ и КХЛ. По окончании сезона вернулся в Детройт.

Рекордсмен московского "Динамо" по количеству передач за сезон - 35

28 апреля 2010 года
Защитники Карел Рахунек, Дмитрий Воробьев, а также нападающие Иржи Гудлер и Дмитрий Шитиков договорились с руководством клуба расторгнуть контракты по обоюдному согласию.