«Чемпионат Молодежной хоккейной лиги – Первенство России по хоккею среди молодежных команд» проводится в два этапа. В первом этапе Чемпионата принимают участие команды, разделенные на две конференции по географическому принципу. Конференции называются «Запад» и «Восток». 
Второй этап состоит из матчей, проводимых по системе «плей-офф».
В первом этапе Чемпионата каждая команда проводит по два матча на своем поле и поле соперника с каждой командой своей конференции. По итогам первого этапа Чемпионата места команд в конференциях определяются по сумме очков, набранных во всех проведенных командами матчах. Команда, набравшая наибольшее количество очков, становится победителем своей конференции.  По итогам первого этапа Чемпионата определяются:
а) победители конференций;
б) команды-участницы второго этапа Чемпионата - серии матчей плей-офф.
в) команды-участницы не попавшие во второй этап в итоговой таблице Чемпионата распределяют между собой места с 17-го по 31-е включительно. При этом более высокое место получает команда, имеющая лучший показатель процента набранных очков на первом этапе вне зависимости от конференции в которой она играла. В случае равенства этого показателя места команд определяются жеребьевкой.
По итогам первого этапа команды, занявшие с 1–8 места в своих конференциях, получают право участия во втором этапе Чемпионата – серии матчей плей-офф.
Первые два номера «посева» получают команды, занявшие первое места в своей конференции.
Номера «посева» с 2 по 8 получают команды в своих конференциях, более высокий номер «посева» получает команда занявшая более высокое место на первом этапе.
Согласно полученным номерам формируются пары команд: 1-8, 2-7, 3-6, 4-5.
Преимущество своей площадки на всех стадиях розыгрыша получают команды с более высоким номером «посева».
Матчи 1/8, 1/4 финала плей-офф проходят в своих конференциях. Для каждой стадии плей-офф пары формируются по принципу: наиболее высокий номер «посева» играет с наименьшим номером «посева».
Для серии матчей 1/2 финала плей-офф пары команд-участниц определяются по следующему принципу:
а) команда конференции «Запад», занявшая более высокое место, играет с командой конференции «Восток», занявшей более низкое место. Вторую пару составляют две другие команды-участницы;
б) победители серий 1/2 финала разыгрывают между собой звание Чемпиона МХЛ и звание победителя Первенства России по хоккею среди молодежных команд.
в) серия матчей за 3 место не проводится.
В финале Чемпионата встречаются команды, победившие в серии 1/2 финала плей-офф. В случае, если в финале встречаются команды, занявшие одинаковые места в своих конференциях, преимущество получает команда, имеющая лучший показатель процента набранных очков на первом этапе. В случае равенства этого показателя, номер «посева» определяется жеребьевкой.
Серии матчей 1/8, 1/4, 1/2 финала плей-офф проводятся до трех побед, максимальное количество матчей – пять. Серия матчей финала Чемпионата проводится до четырех побед, максимальное количество матчей – семь.

Сроки проведения этапов Чемпионата:
Первый этап с 4 сентября 2016 года по 05 марта 2017 года
Второй этап с 11 марта 2017 года по 22 апреля 2017 года